GraphPad Prism 5 教程：从入门到精通核心操作
第一部分：初识 GraphPad Prism 5
1 什么是 Prism？ Prism 不仅仅是一个绘图软件，它更是一个集成了数据录入、科学统计和高质量图形绘制于一体的综合性工具，它的设计理念是让科学家能够专注于科学问题,而不是复杂的统计过程。
（图片来源网络，侵删）
2 核心理念：数据表与图形的关联 Prism 最核心的特点是 “数据表” 和 “图形” 的紧密关联。
- 数据表：你在这里录入、管理和整理你的实验数据。
- 图形：你在这里选择图形类型来可视化数据。
- 关联：当你修改数据表中的数据时，与之关联的图形会自动更新，同样，当你更改图形类型时，数据表的结构和内容保持不变，只是展示方式变了，这种“所见即所得”的关联性极大地提高了效率。
第二部分：界面概览
启动 Prism 5 后，你会看到主界面,主要由以下几个部分组成：
- 工具栏：位于顶部，包含“新建”、“打开”、“保存”、“打印”等基本文件操作按钮,以及一些常用工具。
- 导航栏：位于左侧，是 Prism 的“地图”，它清晰地列出了你当前项目中的所有工作表，包括数据表、信息表、结果表和图形,你可以在这里轻松地在不同工作表之间切换。
- 工作区：屏幕的中央区域，是你进行所有操作（输入数据、查看结果、编辑图形）的主要地方。
- 欢迎窗口：每次启动 Prism 都会弹出，你可以选择新建一个项目、打开一个已有项目或查看教程。
第三部分：核心操作流程（以一个完整案例为例）
我们将通过一个经典的“两组数据比较”案例（比较药物处理组和对照组的细胞活力）,来走一遍完整的流程。
创建新项目并选择数据表类型
- 启动 Prism 5，在欢迎窗口中选择 “Create a new project”。
- Prism 会引导你选择数据表类型，对于我们的案例，需要比较两组独立的数据，所以选择：
- “Column”（列数据）
- 在右侧选择 “Enter and plot error values”（录入并绘制误差值），这是最常用的选择，因为它允许你输入均值、标准差、标准误或置信区间。
- 点击 “Create”。
录入数据
Prism 会自动为你创建一个数据表和一个空白图形。
（图片来源网络，侵删）
数据表操作：
- ：双击数据表顶部的 "Table" 标签，将其重命名为更具体的名称，如 “细胞活力数据”。
- ：双击列 A 上方的 "A"，将其修改为 “对照组”，双击列 B 上方的 "B"，修改为 “药物处理组”。
- 录入数据：
- 在“对照组”列下,依次输入你的实验数据。
- 在“药物处理组”列下,输入另一组数据。
- 注意：每一列代表一个数据集（一个实验组）。
- 设置 Y 轴标签：双击数据表左侧的 Y 轴标签，输入 “细胞活力 (%)”，并点击 “OK”。
你会发现右侧的空白图形已经自动根据你录入的数据生成了一个柱状图！这就是 Prism 的魔力所在。
进行统计分析
现在我们想知道两组数据之间是否存在统计学上的显著差异。
-
选择分析命令：
（图片来源网络，侵删）- 确保你的数据表是当前活动窗口。
- 点击顶部菜单栏的 “Analyze” -> “Column Statistics”（列统计）。
- 或者，直接在工具栏找到分析按钮（通常是一个带 sigma (Σ) 符号的图标）。
-
设置分析参数：
- 在弹出的对话框中，确保你已经选择了正确的数据集（对照组和药物处理组）。
- 勾选你想要进行的分析：
- Descriptive statistics：描述性统计（如均值、标准差、标准误、范围等）。
- Normality test：正态性检验，用于判断数据是否符合正态分布，这是选择 t 检验的前提之一。
- t test：t 检验,这是比较两组均值差异最常用的方法。
- 在 “t test” 选项卡下，选择：
- Assume equal SDs (P > 0.05)：假设两组数据的方差齐性（通常先进行 F 检验判断，如果不确定，可以选择 “Don't assume Gaussian distribution” 或使用非参数检验）。
- Paired or unpaired?：选择 “Unpaired”（独立样本）,因为我们的对照组和处理组是独立的个体。
- One- or two-tail P value?：根据你的科学假设选择，如果你只是想知道是否有差异，选 “Two-tail”（双尾检验），如果你有明确的预期（如药物只会降低活力），可选 “One-tail”。
- 点击 “OK”。
-
查看统计结果：
- Prism 会自动在导航栏创建一个新的工作表，名为 “Results: Column Statistics”。
- 你会看到详细的输出：
- 描述性统计（每个组的 N, Mean, SD, SEM）。
- 正态性检验的结果（如 Shapiro-Wilk test 的 P 值）。
- 最重要的 t 检验结果：包括 t 值、自由度 和 P 值。
- 解读 P 值：如果 P < 0.05,我们就可以认为两组之间的差异具有统计学意义。
完善图形
我们将统计结果（如显著性标记）添加到图形中。
- 切换到图形页面：在导航栏点击你之前创建的图形页面。
- 添加显著性标记：
- 点击顶部菜单栏的 “Draw” -> *“Add or ns”**。
- 在弹出的对话框中，Prism 会自动识别你刚刚进行的 t 检验结果。
- 选择你想要添加显著性标记的对比（通常是对照组 vs. 药物处理组）。
- 点击 “OK”，Prism 会在两组柱状图上方自动添加一条横线和星号（* 或 ns）。
- 自定义图形：
- 双击图形元素可以编辑其属性：
- 双击坐标轴：可以修改坐标轴标题、刻度范围、字体等。
- 双击柱状图：可以修改填充颜色、边框、添加误差线等。
- 双击图例：可以修改图例文字。
- 使用 “Change” 菜单：可以整体更改图形类型（把柱状图改成散点图+误差线图）、颜色主题等。
- 双击图形元素可以编辑其属性：
导出和分享
- 保存项目：点击 “File” -> “Save”，将你的整个工作（数据、分析、图形）保存为
.p5j格式，这是 Prism 的原生格式,可以随时编辑。 - 导出图形：
- 选中你想要导出的图形页面。
- 点击 “File” -> “Export...”。
- 在对话框中，你可以选择导出格式：
- TIFF：高质量位图,适合投稿期刊。
- EPS：矢量图，可以无限放大而不失真，适合用于 Illustrator 等软件进一步编辑。
- PDF/JPEG/PNG：通用格式,适合用于演示文稿或网页。
第四部分：常用技巧与提示
- 模板功能：如果你经常进行同样的实验（如相同的分组和检测指标），可以将设置好的数据表和分析流程保存为 “Template”（模板），下次新建项目时直接调用模板,能节省大量时间。
- 非线性回归：这是 Prism 的另一个强大功能，你可以用它来绘制剂量-反应曲线并计算 IC50 值，路径是
Analyze->Nonlinear regression。 - 生存分析： Prism 内置了强大的生存分析工具（Kaplan-Meier 曲线、Log-rank 检验等）,常用于临床研究。
- 数据透视表：当数据结构复杂时，可以使用
Analyze->Transform或Normalize等功能对数据进行转换。 - 善用帮助文档：Prism 自带非常详尽的帮助文档，选中任何对话框中的选项，按
F1键即可快速获取相关帮助。
第五部分：资源与学习
虽然 Prism 5 版本较旧，但其核心操作逻辑与新版（如 Prism 8/9）基本一致,你可以寻找以下资源：
- 官方资源：
- GraphPad 官方网站：提供大量视频教程、指南和技术笔记，虽然新版界面略有不同，但核心概念是相通的，搜索 "GraphPad Prism tutorials"。
- 视频教程：
- Bilibili (B站) 和 YouTube 上有大量用户上传的中文和英文 Prism 教程，搜索 “GraphPad Prism 教程” 或 “GraphPad Prism tutorial” 可以找到很多实操演示。
- 社区与论坛：
在 ResearchGate、丁香通等学术社区，你可以找到关于 Prism 使用的讨论和问答。
希望这份详细的教程能帮助你顺利上手 GraphPad Prism 5！多加练习,你会发现它是一个能极大提升你科研效率的利器。
